Jonathan Kaplan wurde in Paris, Frankreich, als Sohn des Filmkomponisten Sol Kaplan und der Schauspielerin Frances Heflin (die Schwester des Schauspielers Van Heflin und eine regelmäßige Darstellerin in ABCs Seifenoper "All My Children" (1970)) geboren. Er begann seine Karriere als Kinderdarsteller in der Broadway-Produktion von "The Dark at the Top of the Stairs", inszeniert von Elia Kazan. Er trat auch als Kind im Improvisationstheater von Elaine May auf und arbeitete mit Martin Ritt in "The Molly Maguires" und Arthur Hiller in "Plaza Suite". Kaplan erwarb seinen B.A. an der Universität von Chicago und besuchte die Filmschule der New York University, wo er einen Kurzfilm mit dem Titel "Stanley, Stanley" (1965) drehte, der den Hauptpreis beim National Student Film Festival gewann. Während seiner Zeit an der NYU schnitt Kaplan einen Film für PBS und arbeitete am Fillmore East. Anschließend erhielt er einen Anruf von Roger Corman, der ihm die Gelegenheit bot, seinen ersten Hollywood-Film "Night Call Nurses" (1972) zu drehen. Kaplan zeigte auf einem stark eingeschränkten Budget genügend Einfallsreichtum, um eine weitere Corman-Produktion zu drehen, "The Student Teachers" (1973). Er drehte auch "The Slams" (1973) für Rogers Produzentenbruder Gene Corman. Sein nächster Film, "Chikago Poker" (1974) mit Isaac Hayes in der Hauptrolle, war einer der frühen Blaxploitation-Filme. Anschließend führte Kaplan Regie bei "Straße der Gewalt" (1975) mit Jan-Michael Vincent und Kay Lenz, der zu einem der erfolgreichen Filme von Columbia Pictures im Jahr 1975 wurde, und setzte diesen mit "Mister Billion" (1977) mit Terence Hill in der Hauptrolle fort. Kaplans nächster Film, "Wut im Bauch" (1979), in dem er Matt Dillon entdeckte, stieß auf Vertriebsprobleme, und es dauerte zwei Jahre, bis der Film in Wiederaufführungen die verdiente kritische Aufmerksamkeit erhielt. Kaplan hat auch Fernsehfilme wie "Das elfte Opfer" (1979) mit Bess Armstrong, "The Hustler of Muscle Beach" (1980), "The Gentleman Bandit" (1981) und "Operation Osaka" (1983) inszeniert. "...und wenn der letzte Reifen platzt" (1983) mit Bonnie Bedelia und Beau Bridges wurde beim New York Film Festival wohlwollend aufgenommen. Seit "Heart Like a Wheel" hat Kaplan sein Talent auf das Drehen von Musikvideos verlegt, darunter Barbra Streisands "Left in the Dark", Rod Stewarts "Infatuation" und John Mellencamps "Rain on the Scarecrow", "Lonely Ole Night", "Smalltown" und "R.O.C.K. in the U.S.A."
