Jonathan ist der jüngste von drei Brüdern. Sein älterer Bruder, Anthony LaPaglia, ist ebenfalls Schauspieler. Sein mittlerer Bruder, Michael, ist Autohändler in Los Angeles. Seine Eltern sind Eddie LaPaglia, ein australischer Autohändler, und Maria, eine Sekretärin. Anfangs wollte er eine Karriere in den schönen Künsten einschlagen, hatte jedoch Zweifel an seinem Talent. Er absolvierte die University of Adelaide in Australien mit einem Abschluss in Medizin. Er arbeitete drei Jahre lang als Arzt in Adelaide, Sydney und London. Da er sich eingeschränkt fühlte, beschloss er, seinem Bruder in die Schauspielerei zu folgen. 1994 zog er nach New York City, wo er der Circle In The Square Theatre School beitrat. Er hatte seinen ersten Durchbruch 1996, als er zur Besetzung der TV-Serie New York Undercover (1994) stieß.
