Mary Stuart Masterson begann bereits vor dem Alter von zehn Jahren mit der Schauspielerei, als sie 1975 in "Die Frauen von Stepford" an der Seite ihres Vaters auftrat. Danach führte Mary Stuart auf Anweisung ihrer Eltern ein Leben abseits des Rampenlichts und besuchte eine Schule in New York. Sie trat in einigen Produktionen der Dalton School in New York auf. Im Alter von 15 Jahren trat die junge Schauspielerin am Broadway in Eva Le Gallienne's Version von "Alice im Wunderland" auf. Sie spielte zwei Rollen, die Vier Herz und das kleine weiße Kaninchen. 1985 kehrte sie in den Film zurück und übernahm die Rolle der Dani in "Die Himmelsstürmer". Danach besuchte Mary Stuart acht Monate lang die New York University, wo sie Anthropologie studierte.
