Benjamin Heisenberg wurde 1974 in Tübingen, Deutschland, geboren. Er wuchs in einem kleinen Dorf in der Nähe von Würzburg auf, wo sein Vater Professor für Neurobiologie an der örtlichen Universität war. Nach dem Schulabschluss im Jahr 1993 ging er 1993 an die Akademie der Bildenden Künste in München. 1995 wurde er Assistent von Walther Grasskamp, Professor für Kunstgeschichte an der Kunstakademie. Er schloss die Akademie der Bildenden Künste 1998 ab und gewann den Debütantenpreis für die drei besten Studenten des Jahres. Er stellte mehrere Kunstvideos aus, bevor er 1996 begann, seinen ersten erzählerischen Kurzfilm "Terremoto" zu schreiben, zu drehen und zu filmen. Diese ersten Erfahrungen mit dem Film überzeugten ihn, in die Filmproduktion zu gehen. Von 1997 bis 2005 studierte Benjamin Heisenberg Filmregie an der Münchner Filmschule. Seitdem hat er eine Reihe von Spielfilmen geschrieben und inszeniert, die eine Vielzahl von internationalen Filmpreisen gewonnen haben.