Scott Thompson wurde in Brampton, Ontario, aufgezogen. Er ist der zweitälteste von vier Jungen (die anderen sind Craig, Derek und Dean). Mit 19 Jahren nahm Scott an einem Bildungsprogramm namens "Canada World Youth" teil und verbrachte einige Zeit auf den Philippinen. Nach CWY schrieb sich Scott an der York University ein, wurde jedoch im dritten Jahr wegen "störenden Verhaltens" gebeten, die Universität zu verlassen. Scott trat einer Improvisationstheatergruppe in Toronto namens "The Love Cats" bei und traf dort Mark McKinney, der ihn dem Rest von "The Kids in the Hall" (1988) vorstellte. 1984 war er Gastkünstler bei "The Kids" und wurde kurz darauf Mitglied.
