Mit über 100 noch nicht im Kino gezeigten Filmen bei über 300 Vorstellungen ist das Fünf-Seen-Filmfestival innerhalb von fünf Jahren zu einem der größten Filmfestivals in Bayern geworden.
Schwerpunkt des Festivals sind die neuesten Spiel- und Dokumentarfilme aus der Region zwischen der Donau und der Adria, vor allem aus Deutschland, Österreich und der Schweiz. Seit 2011 ist das FSFF mit über 20 Produktionen aus der Schweiz das Filmfestival mit den meisten Schweizer Filmen außerhalb der Schweiz.
Das FSFF bietet einen Wettbewerb für den besten Spielfilm, den besten Dokumentarfilm, den besten Film für das jugendliche Publikum, den besten mittellangen Film und den besten Kurzfilm. Daneben verleiht es einen Horizonte-Filmpreis für den Film, der sich am meisten mit dem würdevollen Zusammenleben der Gesellschaft auseinandersetzt. Die ausgesuchten Filme müssen in der Region zwischen Donau und Adria produziert worden sein. Die entsprechenden Jurys suchen den jeweiligen Gewinner aus.
Daneben präsentiert das FSFF Filme von den Festivals der Welt, die in einem Publikumspreiswettbewerb mit der Förderung einer Filmkopie ausgezeichnet werden. Open Air Vorstellungen und eine Retrospektive runden das Festival ab.
Die Retrospektiven waren bisher Wolfgang Kohlhaase (2013), Ulrich Tukur und Fredi Murer (2012), Hannelore Elsner und Alain Tanner (2011), Armin Müller-Stahl (2010), Oscar-Preisträger Volker Schlöndorff (2009), und dem OSCAR-nominierten Kameramann Michael Ballhaus (2008) gewidmet.
Der lebendige und weithin beliebte Charakter des Festivals verdankt es seinem offenen und vielschichtig interessierten Publikum, dass Filmemacher wie Tom Tykwer, Volker Schlöndorff, Armin Mueller-Stahl, Mikhail Kalatozishvili, Rosa von Praunheim, Peter Schamoni, Caroline Link, Dominik Graf, Markus H. Rosenmüller, Götz Spielmann, Hans Steinbichler, Aleksej Fedorchenko, Thor Fridrik Frederiksson, Stratos Tzitzis und viele andere bereits das Festival aufsuchten. Seit 2012 wird außerdem ein Special Guest honoriert. 2012 war es Martina Gedeck, 2013 Corinna Harfouch.
Seit 2013 hat das Fünf Seen Filmfestival ein jeweils wechselndes Partnerland. Dazu wurde die Sektion 7 Räume / 7 Künste eingeführt. Außerdem wird jährlich innerhalb der Partnerschaft Starnberg / Dinard der französische Film einen hohen Stellenwert genießen.